10至1世纪&#x，喀什噶尔西北，天山以南的为“西布鲁特”。并受沙&#x，清朝将军兆惠等追剿准噶尔残部到达布鲁特人居住地区，配合清军。不&#，清军平定了大、小和卓的叛乱。西布鲁特额德格纳部ຖ落头人阿济比代表西布鲁特十五部向清朝表示归附。于是浩罕国以东，伊犁河西南，称天山以北的柯æ，1至19年间，帕米尔和喀喇昆仑山一带的布鲁特人全部归属清朝。
—年清道光二十七年至咸丰ถ四年，沙俄通过武装入侵，在柯尔克孜人居住地区建立了科帕尔、列ต普辛斯克、阿里玛图等侵略据点，占领了当地。年，浩罕领阿古伯在英殖民主义者的支持下侵入我国新疆，柯尔克孜族人民不堪忍受欺凌，奋起反抗，又一次配合清军消灭了阿古伯在新า疆的建立的反动政权，为维护祖国统一，领土完整，保卫边疆ຆ做出了巨大贡献。
19世纪下半叶，沙俄强迫清政府签订《中俄勘分西北界约记》、《中俄伊犁条约》、《中俄续勘喀什噶尔界约》等一系列不平等条约，条约除重申《中俄北京条约》有关中俄边界的走向外，还规定人随地归，从而使被割占领土上的柯尔克孜人、哈萨克人成为沙皇的臣民。由于沙俄对我国柯尔克孜族居住区的入侵和占领，特别是8๖1年强迫清政府签订《中俄伊犁条约》，使我国大片柯尔克孜族居住地区和大批柯尔克孜族人民划归俄国，使柯尔克孜族成为跨国民族。从此，统一的柯尔克孜族被人为分成两半，成为中亚的又一个跨界民族。划归俄国的部分既是今天的吉尔吉斯斯坦。而划ฐ归中国的既是目前的克孜勒苏柯尔克孜自治州及周边地区和伊犁地区的柯尔克孜族地区。
8年，新疆建省。从此，州县制ๆ代替军府制和伯克制，成为ฦ新疆的基本行政制度。这新า疆地方政治制度的一项重大变革，有利于巩固边防和促进新疆与内地的交往和联系。建省后，北疆的柯尔克孜族属伊犁将军管辖，南疆的属新疆巡ำ抚管辖。今克孜勒苏柯尔克孜自治州的东部属阿克苏道的乌什直隶厅，西部ຖ属喀什噶尔的疏勒直隶州ะ疏附县、英吉沙尔直隶厅和莎车直隶州。清政府采取减免赋税的措施ๅ。在比较安定的社会条件下，因长期战乱ກ而衰败的柯尔克孜族地区经济得到恢复，人口也有增长。这一时期，柯尔克孜族的部落组织已趋于解体。部落分布更加分散。部落的基层组织逐步变为以地域因素构成的生产单位，但部落观念、部落头人在柯尔克孜族社ุ会中仍有很大的影响。
1911年，辛亥革命爆，清朝被推翻，新疆ຆ进入封建军阀杨增新执政时期。杨增新统治时期，新疆柯尔克孜族居住地区沿袭了旧有的经济制度和政治制度。198๖年，杨增新遇刺身亡，新疆ຆ的统治权落入金树仁之手。191้年月，哈密生农民暴动，并迅波及南疆大部分地区，但暴动很快演变成为地方封建主之间的混战。这时，不堪忍受战乱之ใ苦的柯尔克孜族人民奋起反抗。中国为了加强在新า疆ຆ的工作。派中央政治局委员邓来疆，并在迪化今乌鲁木齐设立了“八路军驻疆办事处”。在新疆省督办盛世才的邀请下，中ณ国派遣了不少党员到新疆ຆ各级行政机关任职，陈潭秋、毛泽民、林基路等先后被派往新疆工作。进入新疆的党员积极宣传反帝ຓ抗日、民族平等进步思想，辛勤工作，受到包括柯尔克孜族在内的新疆各族人民的爱戴。林基路还曾担任柯尔克孜族聚居地区乌ไ什县县长。在中国的影响下，柯尔克孜族人民积极参加反帝ຓ爱国斗争，一些进步的柯尔克孜族青年还参加了人领导的“反帝ຓ会”。在人倡导下，新疆ຆ各民族都成立文化促进会，以展文化教育事业。柯尔克孜族与哈萨克族联合成立哈柯文化促进会。促进会在喀什、乌ไ什、乌恰、英吉沙、疏附、伽师等地都设立了分支机构。促进会的主ว要工作是办学、扫盲、从事群众文化娱乐่和宣传活动，经费以自筹为主。在省政府和哈柯文化促进会的推动下，柯尔克孜族地区兴办了一批学校，结束了长期以来没有学校的历史。在伊斯哈克别克担任哈柯文化促进会会长期间，喀什师范学校还开设了柯尔克孜班。1้98年，在柯尔克孜族聚居地区设立乌恰县。19๗1年，阿合奇设治局自乌什县析出，19年，阿合奇设治局升格为县。